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针对靶标结构,为您定制专属虚拟化合物库
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针对靶标口袋,输出专属虚拟库

包含分子结构、构象结合 PDB 文件、虚拟库报告、并根据客户需求提供分子合成路径或配套实体分子采购服务

以靶标结构为基础建立模型学习已知活性分子特征在化学空间中智能采样富集类药化合物输出专属虚拟库

GPR52 虚拟库案例

相关背景

GPR52 是一个典型的 GPCR 孤儿受体,主要在大脑中表达并发挥重要的生理作用,被认为是治疗各种精神疾病,包括亨廷顿病、精神分裂症、认知障碍、脑畸形和多动症的潜在靶点。

靶标简介

GPR52 是 G 蛋白偶联受体(GPCR)家族的成员。该蛋白家族的成员包含七个假定的跨膜结构域,并可能通过激活异三聚体 G 蛋白介导细胞内部的信号传导过程。GPR52 基因定位于染色体 1q24,与 GPR21 具有最高的同源性(71%)。

研究进展

该靶标于 2020 年完成晶体结构解析,还未有临床报道,处于早期研发阶段。

关键位点和相互作用(位点为文献调研结果)

Hydrogen bonds:

Cys40

Asp188

Ile189

Glu191

Hydrophobic:

Tyr34

Val39

Ile47

Leu101

Phe117

Thr303

π–π interactions:

Phe300

示例下载

线上仅开放下载200个示例分子

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示例展示

为了方面您对虚拟分子有更详细的认知,此处简单展示三个虚拟分子情况。(图片来源为 MolProphet™ 平台真实截图)

示例1
molecule

关键位点和相互作用(红色代表命中):

Hydrogen bonds:

Cys40

Asp188

Ile189

Glu191

Hydrophobic:

Tyr34

Val39

Ile47

Leu101

Phe117

Thr303

π–π interactions:

Phe300

示例2
molecule

关键位点和相互作用(红色代表命中):

Hydrogen bonds:

Cys40

Asp188

Ile189

Glu191

Hydrophobic:

Tyr34

Val39

Ile47

Leu101

Phe117

Thr303

π–π interactions:

Phe300

示例3
molecule

关键位点和相互作用(红色代表命中):

Hydrogen bonds:

Cys40

Asp188

Ile189

Glu191

Hydrophobic:

Tyr34

Val39

Ile47

Leu101

Phe117

Thr303

π–π interactions:

Phe300

质量评估

为了评估虚拟库质量与价值,我们综合统计了已知分子与虚拟库的各类属性情况。整体来看,相较已知活性分子,虚拟分子各项属性更加优异,且均在合理的成药区间内。具体统计结果如下:

图例:已知活性分子基础虚拟分子精调虚拟分子
Affinity
Affinity

Affinity

活性参数(结合自由能)

越大代表活性越好

对比结果

相对具有更高的理论活性

QED
QED

QED

成药性参数

越大代表成药性越好

对比结果

相对具有更加良好的成药性

SA
SA

SA

合成性参数

越小代表合成性性越好

对比结果

合成难度相对更低

MW
MW

MW

分子量

对比结果

相对具有更高的配体效率与更高的优化空间

LogP
LogP

LogP

油水分配系数

对比结果

相对具有更好的亲水性

TPSA
TPSA

TPSA

拓扑极性表面积

对比结果

与已知活性分子基本保持一致

HBA
HBA

HBA

氢键受体

对比结果

已知活性分子基本保持一致,处于合理区间

HBD
HBD

HBD

氢键供体

对比结果

已知活性分子基本保持一致,处于合理区间

nARS
nARS

nARS

总环数

对比结果

平均环数在 3 - 4 之间,处于合理区间